企业内部资产风险管理的一般理论认为，流动性越高的资产，其控制的固有风险越高，因而，需要更为严格的控制程序，以避免资产损失风险和错报风险，而审计是风险控制的重要手段。银行存款作为一个单位流动性较强的资产，审计人员在对其进行审计时，为降低审计风险，必须保持合理的怀疑及必要的谨慎。尤其需要关注以下几个问题：
1.将银行存款余额及发生额与银行存款利息相核对，检查银行存款存在的真实性。存款利息是银行存款所派生出来的，因此它与银行存款在总量上必须相匹配，即一定的利息收入必须与相应的银行存款相对应。通过将银行存款与利息核对，一方面可以审查银行存款是否全额入账，有无账外资金；另一方面可以验证银行存款的真实状况。如果账面记载的利息收入大于根据账面存款计算所得利息，则表明该单位提供的银行存款账户不全，有账外存款；如果账面利息小于根据账面存款计算的利息，则有转移利息收入或挪用银行存款的嫌疑；对账面没有记载利息收入的银行存款，应重点追查银行存款是否真实存在。
2.核对资金流水，关注银行存款调节表。银行存款余额必须与银行对账单核对相符，但是往往由于双方存在未达账务或者记账错误，需要由会计人员编制调节表进行调整后才能核对相符。审计时，审计人员应向会计人员索取最近月份的调节表，分币种、分户头逐户逐笔核对，查明银行对账单的每笔收付金额是否与银行存款日记账相等，是否有收付同时增加或同时遗漏等情况，调整后余额是否相符，计算有无错误。要对银行已收或已付而企业尚未入账、或企业已收或已付而银行尚未入账的金额逐笔查明原-因，并检查是否于下月初自动调整。如果发现没有入账的资金收付，要认真查找原-因，可能的原-因主要包括被审计单位出借银行账户、收入不入账、挪用资金等。出借银行账户和收入不入账的情况一般是在对账单上先有一笔资金收入，在相近日期又有一笔资金支出，金额相等，常以整数大额出现。这种一进一出的资金运动，常常成为一些单位出借账户、转移资金的惯用手法，通过一番动作，掩盖了资金的本来面目，改变了资金原-有的性质。这种手法具有一定的隐蔽性。因此，审计人员必须加以关注。对于这种情况，要进一步追查资金的来源和去向。挪用资金的情况一般是对账单上先出现一笔资金支付，然后一次或分次转回，资金的支付可能以现金的方式进行，也可能流向证券理财等其他单位。如果发现这种情况，应进一步采取措施，追查资金流向。
3.关注银行存款付款单位的相关情况，注意发现违纪违规问题线索。通过对付款有关情况的检查也能发现重大违纪违规问题的线索，在转账结算方式下，结算凭证上要填写收款单位名称、开户银行、银行账号以及付款单位名称、开户银行和银行账号。应重点审查被审计单位及所属单位之间的资金往来，注意进账单中所填写的付款单位的账号是否已向审计人员提供，有无隐瞒未提供的银行账号。
4.关注定期存款。对于定期存款的审计，要足够重视，控制风险，特别要关注定期存单的转存。将存单的会计期间内转存过程与银行存款日记账进行核对，以确认所有的转存已全部入账。对于没有入账的转存业务，要关注其利息是否已经-入账。难以逐笔核对的，要进行测算，发现不可接受的差异，要追查原-因。
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