一、存货赤字余额产生的主要原因
1、外购存货已经入库，由于发票未到或者货款未付等原因，因而没有按会计制度规定及时办理验收入账手续，但由于销售或耗用导致存货已经发出，因此使得存货账面产生未进先出而形成赤字数量和赤字余额。
2、存货已经销售，但由于赊账购入货款尚未支付以及没有及时办理入账手续，导致先销后进，从而使存货在会计结账期间出现赤字结存数量和赤字余额。这种情形在存货赊购赊销或者存货直达销售的企业比较常见。
3、存货已经升溢，由于没有及时盘点和账务处理，因而导致实际发出的数量超过验收入库的收入数量，由于出大于进，从而使得账面存货结存的数量和余额都是赤字。
4、多转存货发出成本，违背会计核算的配比原则，使得期末存货账面结存数量与金额明显不吻合，可能产生两种情形：一种是结存数量为零，余额是赤字；另一种是结存数量为蓝字，余额是赤字。
5、会计人员为调节利润或者算账记账差错，导致存货多转发出数量和少转发出成本，从而使期末存货账结存数量为赤字，而余额为蓝字。此外，由于供货方多发货，存货品种串户，存货已报废又销售，材料成本差异、产品成本差异、商品进销差价计算分摊不正确等原因，同样会使存货产生赤字余额现象。
二、对存货赤字余额的审计方法
1、账账核对法—检查存货明细账记载的可靠性。审查存货赤字余额，首先必须将存货明细账的余额和发生额与总账核对，如果账账相符，说明存货余额具有相对可靠性，可作为继续审计的对象；如果账账不符，则必须查找错账原因并按会计制度规定纠正后，继续审计。
2、实地盘点法—检查存货期末余额的真实性。对赤字余额的存货进行实地盘点清查，将存货的实际结存数量及其按正常单价计算的金额与账面结存数比较，得出该种存货的实际差额，并分析其是属于盘盈盘亏，还是存在未达账项。对存货赤字余额审计，清查盘点很重要，因为在一般情况下某个存货虽然账面发生赤字余额，但并不等于该存货没有实际库存量；相反，由于这种存货有赤字结存数量和赤字余额，正说明该存货仍在正常流转，在多数情况下仍然有实际库存量存在。如果对存货赤字余额就账论账进行审计，就会作出不切实际的审计结论，因此，必须通过实地盘点清查和账实核对，才能查清事实真相。
3、账面审查法—检查存货收付记录的合规性、计价的正确性和结存余额计算的准确性。通过账账核对和盘点清查，消除因错账和未达账而产生的虚假赤字余额现象，通过调账纠错和调节未达账项，得出存货账实相差和赤字余额的准确数字，从而为账面审查奠定基础。
（1）采用账证核对法，检查存货收付记录的合规性。对产生赤字余额的存货账户，将会计凭证（包括原始凭证和记账凭证）与明细账收付记录逐笔核对，审查账证是否相符。（2）采用复算法，检查期末结存数量和余额计算的准确性。对期初结存、本期收入和本期付出发生额、期末结存之间的勾稽平衡关系进行重新计算，以验证期末赤字余额的准确性。（3）采用逆查法，检查存货计价的正确性。对赤字余额的存货采用逆查法，沿着期末余额—本期发生额—期初余额的顺序逐项审核，重点检查存货计价方法的一贯性和计量计算结果的正确性。根据现行会计制度的规定，企业存货的发出和结存，按实际成本核算的，可以采用先进先出法、后进先出法、加权平均法、移动平均法、个别计价法等计价方法，但计价方法的采用必须符合一贯性原则，即企业只允许选用一种计价方法而且在一年内不得任意变动。因此，对赤字余额的存货，着重审查有无随意改变计价方法，多转发出成本、任意压低成本、隐留利润，或者少转发出成本、故意提高库存成本、虚盈实亏等利用存货成本结转达到人为调节利润的问题。企业存货按计划成本核算的，除了审查存货按计划成本收入、发出、结存的正确性外，重点要审查有关存货成本差异率的计算和结转，有无利用各种成本差异率随意调节成本和利润，导致存货产生赤字余额的问题。
4、延伸追查法。通过上述方法审查后，对某些尚未查清查实的问题，或者发现可能产生贪污舞弊的线索，必须延伸追踪检查。如由于供货方多发商品或材料导致存货余额长期赤字，数额是否相符，若不符，是否有贪污舞弊行为。
5、检查内部控制制度。围绕存货赤字余额产生的原因及其可能带来的弊端，对存货的内部控制制度进行符合性测试和实质性测试，查找其制度上的缺陷和管理方面的薄弱环节，从而提出完善制度、改进管理、强化内控、堵塞漏洞、防止错弊的审计建议。
三、对存货赤字余额的处理
对存货赤字的处理，取决于存货赤字余额的性质，在查明存货赤字原因及其性质的前提下，一般可遵循以下原则处理：
1、属于供货方错发（多发）的存货，应当与对方协商解决，退货或作价付款。
2、属于错账的，应调账处理；属于购货后未及时办理入账手续和升溢未及时报告处理导致账务处理不及时的，应补记入账。因错账或入账不及时产生的盈亏不实，经调账后新增的利润（或亏损），应按税法规定调整企业所得税纳税申报。
3、属于各类违纪违规问题，必须依据法律法规进行处理和处罚。