近几年，随着对效益审计工作有益探索的日益深入，作为效益审计重要组成部分之一的行政事业单位效益审计，已经引起越来越多的关注。对行政事业单位进行效益审计也是审计部门新时期所面临的新课题。笔者认为，当前推进行政事业效益审计，应重点做好以下几点：
一、要找准目标定位
随着效益审计工作的不断深入，将对行政事业单位的财务管理产生很大的影响，同时也将对行政事业单位的效益审计提出新的要求。当前行政事业单位的效益审计目标应当是在加大财政预算支出审计的基础上，重点关注财政资金使用中的损失浪费问题。行政事业单位不同于建设项目、企业等，强调的是有效运用资金、充分履行职能，因此其效益审计目标也有所不同。鉴于行政事业单位本身的特点以及效益审计的基本理论，行政事业单位的效益审计目标可以确定为对行政事业单位是否通过有效的组织管理、经济高效地使用人财物等资源完成既定职能任务进行监督、鉴证和评价、提出审计建议。通过行政事业效益审计，可以反映出行政事业单位资金使用效益的现实水平，揭示其存在的主要问题，促进其不断提升管理水平，减少财政资金的损失浪费。同时还能推动财政等职能部门，加快公共财政建设步伐，不断深化公共财政管理体制改革，尽快建立科学有效的考核检查制度，进而提高其资金的使用效益。
二、要坚持重要性原则进行效益评价
由于我国目前缺乏科学、系统的效益评价体系，在实践中审计人员只能通过加强与被审计单位的沟通，依据审计事实来判断和评价，审计效益评价较为困难，审计结论容易引起争议，存在潜在的风险。为了便于审查判断，要坚持重要性原则，尽量选取利用现有法规、行业标准、运用分析论证手段可以判断的内容以及人力资源管理、财务成本管理和组织管理等管理学知识，积极探索，逐步建立行政事业单位效益审计的评价方法和标准。首先，要将效益审计目标依据资金的性质和项目功能定位，分类选择相关考核评价指标，确定指标评价方法，建立适宜的效益审计指标评价体系。该评价体系应从资金到位率、使用率、支出效果、项目采购方式和财务制度执行等方面来确定基本财务指标、国家通行指标、公众关注指标等；其次，要从不同的侧面选择有代表性的指标来反映、从项目的实施对社会产生最大的宏观效益和项目实施后所产生的直接经济效益来确定具体的评价指标。
三、要注重效益审计和经济责任审计有机结合
行政事业单位效益审计是效益审计的主要组成部分，以效益为导向，提高财政、财务资金的使用效益是当前行政事业单位效益审计工作的一个基本要求，也是行政事业单位效益审计工作的一个重要方面。新的财政支出管理体制施行的最终目标，就是要提高财政资金的使用效益。行政事业单位大多都是一级预算的党政部门单位，所以要把效益审计和经济责任审计有机结合起来。首先，应当注重抓住党政主管领导的“一支笔”。只要抓住了“一支笔”就等于抓住了效益审计的主要方面，就能通过“一支笔”促进部门单位增强预算管理的自觉性和规范性，看其预算安排的是否合理，防止国有资产的损失和浪费，从而提高财政资金的经济性。其次，应当抓住重大资金、重大投资项目的决策程序，看其项目立项的科学性，项目资金是否专款专用，逐步探索项目资金使用的效率性。最后，通过对重大资金、重大投资项目决策程序的审计，检查国有资产保值增值和损失浪费情况，看其是否促进经济和社会和谐发展，判断其所蕴含事业发展的潜在效益等。
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