目前，有不少行政事业单位都纳入了会计集中核算。实行会计集中核算，给审计工作带来了新困难和挑战，作为审计部门必须用新的办法和新的对策与之相适应，紧跟财政改革步伐。
第一，要完善审计程序。实行会计集中核算后，被审计单位的财政、财务收支活动的主体并没有变化，只是核算形式的变化，但会计核算中心也应纳入审计监督的范围。因此，审计程序需要增加：一是在审前调查方面，除调查被审计单位外，还应调查会计集中核算中心。二是审计文书既要送达被审计单位，同时还需要抄送会计集中核算中心，这是因为会计核算中心一方面代理着被审计单位的账目，另一方面处理处罚的问题也需要通过会计核算中心进行纠正。三是在审计承诺书的签署和审计证据签字上，应由被审计单位和会计核算中心同时签字、盖章。四是审计报告征求意见方面，要征求被审计单位的意见，同时也征求会计核算中心的意见，被审计单位和会计核算中心应当分别对审计报告列举的事实和提供的数据进行认定。
第二，把握违规违纪问题的责任划分。对进入会计集中核算的单位审计时，在审计问题的定性上，与传统的会计核算形式不同的是，实行会计集中核算后，有些问题涉及到了会计核算中心，对此，审计人员应从以下三个方面进行把握：一是财务收入的真实性、合规合法性，以及财务支出的真实性由被审计单位负责。因为财务收入的资金来源等是否正当、有无问题，会计核算中心不一定清楚，各个单位的资金除了本级财政预算安排外，还有上级补助收入、事业收入、罚没收入、其他收入等等。对此，会计核算中心不一定全面了解。另外，财务支出的真实，主要是发生每一笔业务的真实与否，会计核算中心并不掌握。会计核算中心只能鉴别票据的真伪，而该件事情的真实与否，应由被审计单位负责。二是会计核算业务的正确与否应由会计核算中心负责。因为,会计核算中心的主要职责是代理有关单位记账，进行会计核算。因此，核算上的问题应由会计核算中心负责。三是财务支出的合规性、合法性以及有关票据的真假由被审计单位和会计核算中心共同负责，这里主要体现的是会计核算中心也有会计监督职能。支出是否合规、合法以及票据的真假，单位在报销和列支时，除单位进行了审核把关外，会计核算中心也有监督责任，而且会计核算中心本身也有一定的审批权限职能。因此，这方面有问题，两者都有责任。
第三，审计重点应有新突破。实行会计集中核算后，单位明显的违纪问题相对减少，而暗藏和非常规性问题有可能出现，我们的审计重点应该为：一是以真实性审计为重点，检查财务支出的转移情况。实行会计集中核算后，一些单位为了使一些不合规的支出合法化，有可能采取巧立名目、弄虚作假的手法进行报销；个别单位还可能将有些费用转嫁到下属单位或企业报销。对此，我们要从真实性入手，采取内查外调的方法，广泛听取群众意见，合理测算单位费用支出比例，下大功夫进行查处。二是采取多种方式，深挖账外账和私设“小金库”问题。实行会计集中核算后，对某些单位和个人来说，可能断了“财路”，他们总是千方百计地另找出路，有可能在会计核算中心账目之外想方法、搞名堂。对此，我们应采取下列方法查处：(1)注意观察单位的情况。如发现被审计单位有门面房、办培训等，就要想到房租收入和办班收入，然后对照账面审查有没有反映，没有反映就有可能形成账外账或者“小金库”。(2)注意对单位的现金进行盘点，如果发现现金长库(或短库)比较多而又说不清来源(或支出用途)，就要怀疑有“小金库”或账外账问题。(3)注意该单位的收入情况。应从审计各种收入票据入手，核对单位收入的真实性、
完整性。主要审查非税收入等是否全额上缴财政专户，是否达到以票管费，有无“白条”收费和无票收费，是否以物抵收，以支抵收等违规行为。
第四，不可忽视对会计核算中心的审计监督。一是审查会计核算中心与被审计单位有无相互衔接、切实可行的内控制度。二是审查纳入会计核算中心管理的专项资金是否及时拨付，有无无故滞留或有意拒付。二是审查进入会计核算中心的各项资金特别是大宗资金的流向是否合理、合法。
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