人民银行内审机构的设立，对于完善内部控制体系，强化风险监控与防范起到了很好的作用。理论研究与实践探索的不断深入，也使内审工作理论体系、制度体系、操作规程日益得到完善与规范。但是，随着人民银行职能调整、内审实践的发展和内审范围的不断拓宽，基层人民银行内审工作的机制性缺陷也逐步凸现出来，一定程度上影响和削弱了内部审计“监督同级”职能的发挥，需要得到解决，主要表现在以下方面：
一、 内审机构设置问题
目前人民银行已从上而下建立了健全的内审机构，在县支行只设立了内审岗位，隶属于综合办公室，并且在本行行长领导下开展工作。这种设置主要存在以下几个问题：一是内审岗位仅一人或一人兼职，单靠内审人员来完成一个内审项目是不可能的，因为不符合审计项目双人开展的要求。在县支行，要开展内审项目，必须有其他科室的配合；二是由内审工作的性质决定，内审工作在行长的直接领导下开展工作，要处于相对超然的位置，而在实际中，县支行的内审员没有明确职位、待遇、职权。在实际工作中会遇到这样或那样的困难，主要是工作的力度和权威性不足，很难达到上级行要求的审计目的。因为被审计的对象都是人民银行内部机构，涉及到人际关系方面的问题极为复杂，处理不好不仅不能完成任务，还会引起方方面面的矛盾，使内审人员工作开展起来必须慎之又慎，因而，又缺乏相应的超脱性。而独立性和超脱性是一切审计工作的灵魂，只有在独立性得到充分保证的前提下，审计工作才能保持客观公正。
二、 内审人员不足问题
县级人行内审工作的主要内容是监督同级，由于内审人员少，很少有针对性地自主实施一些同级监督项目，只能是按照上级行的安排，开展一些自查自纠活动。从而导致县级人行内审工作概念模糊，工作茫然。目前县级人行内审工作仅仅被动地局限于应付上级行的内审检查、督促内审整改等工作，根本谈不上有的放矢地开展同级监督，更不能创造性地开展工作。
三、 内审人员素质参差不齐问题
县级人行内审人员来自不同岗位，业务素质参差不齐，缺乏对基层央行业务的全面熟悉、缺乏较强的分析和处理问题的能力。且县级人行内审人员很少接受上级行组织开展的系统的内审业务知识培训，也很少参加其他业务部门的专业培训；加之，县级人行内审人员由于多种原因，自我学习、自我加压的意识不强，面对新情况、新形势，不能及时更新知识，适应变化，其知识老化、业务面偏窄的现状，使内审工作缺乏深度。
四、 内审处罚问题
内审法规不健全，缺乏必要的处罚手段。由于县级人民银行内部审计工作的性质、任务、职能、权利范围没有明确的规定，同时，缺乏一套行之有效的内审处罚实施细则，致使内审部门只有检查权和建议权，没有处罚权。而检查后所提出的建议又往往引不起同级部门的足够重视，使发现的问题得不到及时的纠改，从而产生审计查处问题“年年处理年年有”的现象。
建议：
建议县级人行设立独立的内审部门，人员编制增加到三至四人，可以采取中心支行内审派驻制的方式，内审人员从县支行公开招聘，人事关系纳入中支管理，直接对中支内审部门负责，这样可有效的提高基层内审人员的独立性和超脱性，既保证他们客观、公正的履行职责。上级行要加大对现有内审人员的培训力度，制定科学合理的培训计划，力争在一定时期内对内审人员培训涵盖所有的人民银行的业务，使内审人员工作起来得心应手、挥洒自如。 建议上级行制定一套内审处罚实施细则，为内审工作中发现问题后的处罚实现合法化和规范化。只有这样，才能使内部审计“监督同级”职能的充分发挥，才能保证人民银行各项职能依法、合理、公正、有效履行，才能为我国金融和经济发展提供优质、高效的服务。
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