会计上，实行“免、抵、退”政策的账务处理也相应有三种处理办法。
一是，应纳税额为正数，即免抵后仍应缴纳增值税，免抵税额＝免抵退税额，即没有可退税额（因为没有留抵税额）。此时，账务处理如下：
借：应交税金——应交增值税（转出未交增值税）
贷：应交税金——未交增值税
借：应交税金——应交增值税（出口抵减内销产品应纳税额）
贷：应交税金——应交增值税（出口退税）
二是，应纳税额为负数，即期末有留抵税额，对于未抵顶完的进项税额，不做会计分录；当留抵税额大于“免、抵、退”税额时，可全部退税，免抵税额为0.此时，账务处理如下：
借：应收补贴款
贷：应交税金——应交增值税（出口退税）
三是，应纳税额为负数，即期末有留抵税额，对于未抵顶完的进项税额，不做会计分录；当留抵税额小于“免、抵、退”税额时，可退税额为留抵税额，免抵税额＝免抵退税额－留抵税额。此时，账务处理如下：
借：应收补贴款
应交税金——应交增值税（出口抵减内销产品应纳税额）
贷：应交税金——应交增值税（出口退税）
通过以上三种情况的分析与处理可看出，如果不计算出“免抵税额”，会计处理上将无法平衡。下面，举例说明。
某具有进出口经营权的生产企业，对自产货物经营出口销售及国内销售。该企业2005年1月份购进所需原材料等货物，允许抵扣的进项税额85万元，内销产品取得销售额300万元（不含税），出口货物离岸价折合人民币2400万元。假设上期留抵税款5万元，增值税税率17%，退税率15%，则相关账务处理如下：
1.外购原辅材料、备件、能源等，分录为：
借：原材料等科目 5000000
应交税金——应交增值税（进项税额）850000
贷：银行存款 5850000
2.产品外销时，免征本销售环节的销项税分录为：
借：应收账款 24000000
贷：主营业务收入 24000000
3.产品内销时，分录为：
借：银行存款 3510000
贷：主营业务收入 3000000
应交税金——应交增值税（销项税额） 510000
4.月末，计算当月出口货物不予抵扣和退税的税额。不得免征和抵扣税额＝当期出口货物离岸价×人民币外汇牌价×（征税率－退税率）＝2400×（17%－15%）＝48万元。
借：主营业务成本 480000
贷：应交税金——应交增值税（进项税额转出）480000
5.计算应纳税额。本月应纳税额＝销项税额－进项税额＝当期内销货物的销项税额－（当期进项税额＋上期留抵税款－当期不予抵扣或退税的金额）＝51－（85＋5－48）＝9万元。
借：应交税金——应交增值税（转出未交增值税）90000
贷：应交税金——未交增值税 90000
6.实际缴纳时。
借：应交税金——未交增值税 90000
贷：银行存款 90000
依上例，如果本期外购货物的进项税额为140万元，其他不变，则1至4步分录同上，其余账务处理如下：
5.计算应纳税额或当期期末留抵税额。本月应纳税额＝销项税额－进项税额＝当期内销货物的销项税额－（当期进项税额＋上期留抵税款－当期不予抵扣或退税的金额）＝300×17%－［140＋5－2400×（17%－15%）］＝-46万元。由于应纳税额小于零，说明当期“期末留抵税额”为46万元，不需作会计分录。
6.计算应退税额和应免抵税额。免抵退税额＝出口货物离岸价×外汇人民币牌价×出口货物退税率＝2400×15%＝360万元。当期期末留抵税额46万元＜当期免抵退税额360万元时，
当期应退税额＝当期期末留抵税额＝46万元，当期免抵税额＝当期免抵退税额－当期应退税额＝360－46＝314万元。
借：应收补贴款 460000
应交税金——应交增值税（出口抵减内销产品应纳税额）3140000
贷：应交税金——应交增值税（出口退税） 3600000
7.收到退税款时，分录为：
借：银行存款 460000
贷：应收补贴款 460000
依上例，如果本期外购货物的进项税额为494万元，其他不变，则1至4步分录同上，其余5.6.7步账务处理如下：
5.计算应纳税额或当期期末留抵税额。本月应纳税额＝销项税额－进项税额＝当期内销货物的销项税额－（当期进项税额＋上期留抵税款－当期不予抵扣或退税的金额）＝300×17%－［494＋5－2400×（17%－15%）］＝-400万元，不需作会计分录。
6.计算应退税额和应免抵税额。免抵退税额＝出口货物离岸价×外汇人民币牌价×出口货物退税率＝2400×15%＝360万元。当期期末留抵税额400万元＞当期免抵退税额360万元时，
当期应退税额＝当期免抵税额＝360万元，当期免抵税额＝当期免抵退税额－当期应退税额＝360－360＝0万元。
借：应收补贴款 3600000
贷：应交税金——应交增值税（出口退税）3600000
7.收到退税款时，分录为：
借：银行存款 3600000
贷：应收补贴款 3600000