两法合并的过渡期为五年。新法公布前已经设立的企业，享受低税率优惠的，可以在新法施实后五年内过渡到新法的税率；享受定期减免税优惠的，可享受到期满为止。
新法与两个旧法差异。
一、纳税人
因个人独资企业是由一个自然人投资的经营实体；合伙企业法规定由合伙人分别缴纳所得税，为避免重复征税，个人独资企业和合伙企业不适用企业所得税法。
企业分为居民企业和非居民企业。依照中国法律、法规在中国境内成立，或者依照外国（地区）法律成立且实际管理机构在中国境内的企业，为居民企业。依照外国（地区）法律、法规成立且实际管理机构不在中国境内，但在中国境内设立机构、场所的，或者在中国境内未设立机构、场所，但有来源于中国境内所得的企业，为非居民企业。
二、税 率
原内资企业所得税：
一般企业33%；微利企业18%，27%；高新技术开发区内的高新技术企业15%；西部鼓励类企业15%。
原涉外企业所得税：
一般企业30%和3%地方附加；经济特区15%；沿海开放城市24%；高新技术开发区内的高新技术企业15%；西部鼓励类企业15%；预提所得税20%减按10%征收。
新企业所得税法：
一般企业25%；小型微利企业20%；国家需要重点扶持的高新技术企业15%；预提所得税20%减按10%征收。
三、应纳税所得
原内资企业所得税（申报表思路）
应纳税所得额＝收入总额－准予扣除项目金额－弥补亏损－免税所得
新企业所得税法
应纳税所得额＝收入总额－不征税收入－免税收入－各项扣除－弥补亏损
例：某企业2007年收入总额100万元，准予扣除项目金额70万元，2006年有需要弥补亏损20万元，有免税所得15万元。
则2007年应纳税所得额＝100－70－20－10
若上例为2008年的有关数据
则2008年应纳税所得额＝100－70－15－15
例：下列项目中属于新企业所得税法不征税收入的有（A）
A.财政拨款
B.租金收入
C.接受捐赠收入
D.国债收入
四、扣除项目
《企业所得税暂行条例》规定，计算应纳税所得额时准予扣除的项目，是指与纳税人取得收入有关的成本、费用和损失。下列项目，按照规定的范围、标准扣除：
1.纳税人在生产、经营期间，向金融机构借款的利息支出，按照实际发生数扣除；向非金融机构借款的利息支出，不高于按照金融机构同类、同期贷款利率计算的数额以内的部分，准予扣除；
2.纳税人支付给职工的工资，按照计税工资扣除。计税工资的具体标准，在财政部规定的范围内，由省、自治区、直辖市人民政府规定，报财政部备案；
3.纳税人的职工工会经费、职工福利费、职工教育经费，分别按照计税工资总额的2%、14%、l.5%计算扣除；
4.纳税人用于公益、救济性的捐赠，在年度应纳税所得额3%以内的部分，准予扣除。
除上述项目外的其他项目，依照法律、行政法规和国家有关税收的规定扣除。
《外资企业所得税法》第十二条规定，外商投资企业来源于中国境外的所得已在境外缴纳的所得税税款，准予在汇总纳税时，从其应纳税额中扣除，但扣除额不得超过其境外所得依照本法规定计算的应纳税额。
新《企业所得税法》规定，企业实际发生的与取得收入的有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。
企业发生的公益性损赠支出，在年度利润总额12%以内的部分，准予在计算应纳税所得额时扣除。
在计算应纳税所得额时，企业发生的下列支出作为长期待摊费用，按照规定摊销的，准予扣除：
1.已足额提取折旧的固定资产的改建支出；
2.租入固定资产的改建支出；
3.固定资产的大修理支出；
4.其他应当作为长期待摊费用的支出。
企业使用或者销售存货，按照规定计算的存货成本，准予在计算应纳税所得额时扣除。
企业转让资产，该项资产的净值，准予在计算应纳税所得额时扣除。
五、不得扣除的项目
（一）《企业所得税暂行条例》规定，在计算应纳税所得额时，下列项目不得扣除：
1.资本性支出；
2无形资产受让、开发支出；
3.违法经营的罚款和被没收财物的损失；
4.各项税收的滞纳金、罚金和罚款；
5.自然灾害或者意外事故损失有赔偿的部分；
6.超过国家规定允许扣除的公益、救济性捐赠，以及非公益、救济性的捐赠；
7.各种赞助支出；
8.与取得收入无关的其他各项支出。
（二）新《企业所得税法》规定，在计算应纳税所得额时，下列支出不得扣除：
1.向投资者支付的股息、红利等权益性投资收益款项；
2.企业所得税税款；
3.税收滞纳金；
4.罚金、罚款和被没收财物的损失；
5.本法第九条规定以外的捐赠支出；（非公益救济性捐赠支出）
6.赞助支出；
7.未经核定的准备金支出；（各项资产减值准备、风险准备）
8.与取得收入无关的其他支出。
（三）下列固定资产不得计算折旧扣除：
1.房屋、建筑物以外未投入使用的固定资产；
2.以经营租赁方式租入的固定资产；
3.以融资租赁方式租出的固定资产；
4.已足额提取折旧仍继续使用的固定资产；
5.与经营活动无关的固定资产；
6.单独估价作为固定资产入账的土地；
7.其他不得计算折旧扣除的固定资产。
（四）下列无形资产不得计算摊销费用扣除：
1.自行开发的支出已在计算应纳税所得额时扣除无形资产；
2.自创商誉；
3.与经营活动无关的无形资产；
4.其他不得计算摊销费用扣除的无形资产。
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