正确审定进项税额，严格按照税法规定计算可抵扣的进项税额，是保证增值税贯彻实施和国家财政收入的重要环节。在确定增值税进项税额抵扣时，必须按增值税规定依法计算应抵扣税额。为此，《增值税暂行条例》及其实施细则对进项税额的抵扣范围、条件、数额及方法作了专门规定。
1.准予从销项税额中抵扣的进项税额
(1)从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额。
(2)从海关取得的完税凭证上注明的增值税额。
上述两款规定是指增值税一般纳税人在购进或进口货物及劳务时取得对方的增值税专用发票或海关完税凭证上已注明规定税率或征收率计算的增值税税额，不需要纳税人计算，但要注意其增值税专用发票及海关完税凭证的合法性，对不符合规定的扣税凭证一律不准抵扣。
增值税一般纳税人取得所有需抵扣增值税进项税额的海关完税凭证，应根据相关海关完税凭证逐票填写《海关完税凭证抵扣清单》，在进行增值税纳税申报时随同纳税申报表一并报送。如果纳税人未按照规定要求填写《海关完税凭证抵扣清单》或者填写内容不全，该张凭证不得抵扣进项税额。
增值税一般纳税人当期未取得海关完税凭证可不向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》。
(3)购进免税农产品进项税额的确定与抵扣。
自2002年1月1日起，增值税一般纳税人购进农业生产者销售的免税农产品，或者从小规模纳税人处购进的农产品，按买价和13%的扣除率计算抵扣进项税额。在掌握该项政策时，应注意以下几个问题:
①免税"农产品"是指直接从事植物的种植、收割和动物的饲养、捕捞的单位和个人销售的享受免税的自产农产品;农产品所包括的具体品目按《农产品征税范围注释》来确定。
②"买价"是指经主管税务机关批准使用的收购凭证上注明的价款;对烟叶税纳税人按规定缴纳的烟叶税，准予并入烟叶产品的买价计算增值税的进项税额，并在计算缴纳增值税时予以抵扣。
③"扣除率"为13%0根据财税[2002J12号文件的规定，从2002年1月1日起，增值税一般纳税人购进农业生产者销售的免税农业产品的进项税额扣除率由10%提高到13%。根据财税[2002]105号文件的规定，增值税一般纳税人向小规模纳税人购买农产品，可按照财税[2002]12号文件的规定依13%的扣除率抵扣进项税额。
④根据财税[2006J64号和140号文件的规定，收购烟叶准予抵扣的进项税额=(收购金额+烟叶税)×13%，其中，收购金额=收购价款×(I+10%)。
(4)购进废旧物资进项税额的确定与抵扣。
生产企业增值税一般纳税人购入废旧物资回收经营单位销售的废旧物资，可按照废旧物资回收经营单位开具的由税务机关监制的普通发票上注明的金额，按10%计算抵扣进项税额。
凡年销售额超过180万元的废旧物资回收经营企业必须认定为增值税一般纳税人。从事废旧物资回收经营的增值税一般纳税人(以下简称回收企业)符合免征增值税条件的，其销售废旧物资必须使用防伪税控一机多票系统开具增值税专用发票(以下简称废旧物资专用发票)，并在增值税专用发票左上角打印"废旧物资"字样纳入防伪税控一机多票系统管理的回收企业不得开具废旧物资普通发票。
具有一般纳税人资格的生产企业购进废旧物资，取得废旧物资专用发票，须按照增值税专用发票的有关规定认证抵扣，非废旧物资专用发票一律不得作为进项税额抵扣凭证。准予抵扣的进项税额按废旧物资专用发票注明的金额和规定的扣除率计算。从事废旧物资回收经营的小规模纳税人仍可开具废旧物资普通发票，但不再作为增值税扣税凭证;如购买方需要抵扣进项税额的，可按照规定申请代开增值税专用发票，
(5)运输费用进项税额的确定与抵扣。
增值税一般纳税人外购或销售货物(固定资产除外)所支付的运输费用(代垫运费除外)，根据运费结算单据(普通发票)所列运费金额，依10%的扣除率计算进项税额准予扣除。从1998年7月1日起按运费金额的7%扣除率计算进项税额抵扣。这里所称的准予抵扣的货物运费金额是指在运输单位开具的货票上注明的运费、建设基金，但不包括随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费;准予抵扣的运费结算单据(普通发票)，是指国营铁路、民用航空、公路和水上运输单位开具的货票，以及从事货物运输的非国有运输单位开具的套印全国统一发票监制章的货票。其发货人、收货人、起运地、到达地、运输方式、货物名称、货物数量、运输单价、运费金额等项目的填写必须齐全，与购货发票上所列的有关项目必须相符，否则不予抵扣。这里还要说明一点，准予计算进项税额扣除的货运发票种类，不包括增值税一般纳税人取得的货运定额发票。从2003年1月1日起，公路、内河货物运输业(以下简称货物运输业)发票的印制、领购、开具、取得、保管、缴销均由地方税务局管理和监督。凡已委托给其他部门管理的，必须依法收回。
从2003年1月1日起，提供货物运输劳务的纳税人必须经主管地方税务局认定方可开具货物运输业发票。凡未经地方税务局认定的纳税人开具的货物运输业发票不得作为记账凭证和增值税抵扣凭证。
从2003年12月1日起，国家税务局对增值税一般纳税人申请抵扣的所有运输发票与营业税纳税人开具的货物运输业发票进行比对。对比对异常情况进行核查，并对违反有关法律法规开具或取得货物运输业发票的单位进行处罚。
增值税一般纳税人在申报抵扣2003年1月1日起取得的运输发票增值税进项税额时，应向主管国家税务局填报《增值税运输发票抵扣清单》纸质文件及电子信息，未报送的，其进项税额不得抵扣。
增值税一般纳税人外购货物(固定资产除外)和销售应税货物所取得的由自开票纳税人或代开票单位为代开票纳税人开具的货物运输业发票准予抵扣进项税额。增值税一般纳税人取得税务机关认定为自开票纳税人的联运单位和物流单位开具的货物运输业发票准予计算抵扣进项税额。准予抵扣的货物运费金额是指自开票纳税人和代开票单位为代开票纳税人开具的货运发票上注明的运费、建设基金和现行规定允许抵扣的其他货物运费·装卸费、保险费和其他杂费不予抵扣。货运发票应分别注明运费和杂费，对未分别注明，而合并注明为运杂费的不予抵扣。
一般纳税人购进或销售货物(东北以外地区固定资产除外)通过铁路运输，并取得铁路部门开具的运输发票，如果铁路部门开具的铁路运输发票托运人或收货人名称与其不一致，但铁路运输发票托运人栏或备注栏注有该纳税人名称的(手写无效)，该运输发票可以作为进项税额抵扣凭证，允许计算抵扣进项税额。
一般纳税人取得的国际货物运输代理业发票和国际货物运输发票，不得计算抵扣进项税额。国际货物运输代理业务是国际货运代理企业作为委托方和承运单位的中介人，受托办理国际货物运输和相关事宜并收取中介报酬的业务。因此，增值税一般纳税人支付的国际货物运输代理费用，不得作为运输费用抵扣进项税额。
一般纳税人取得的汇总开具的运输发票，凡附有运输企业开具并加盖财务专用章或发票专用章的运输清单，允许计算抵扣进项税额。
一般纳税人取得的项目填写不齐全的运输发票(附有运输清单的汇总开具的运输发票除外)不得计算抵扣进项税额。
扩大增值税抵扣范围企业购进或销售固定资产支付的运输费用准予抵扣。
(6)企业购置增值税防伪税控系统专用设备和通用设备，可凭购货所取得的专用发票所注明的税额从增值税销项税额中抵扣。其中，专用设备包括税控金税卡、税控ic卡和读卡器;通用设备包括用于防伪税控系统开具专用发票的计算机和打印机。增值税一般纳税人用于采集增值税专用发票抵扣联信息的扫描器具和计算机，属于防伪税控通用设备。对纳税人购置上述设备取得的增值税专用发票所注明的增值税税额，计人当期增值税进项税额(国税函[2006]1248号)。
(7)自2004年12月1日起，增值税一般纳税人购进税控收款机所支付的增值税额(以购进税控收款机取得的增值税专用发票上注明的增值税额为准)，准予在企业当期销项税额中抵扣。需要强调的是，纳税人购进的税控收款机不论是否达到固定资产标准，其取得的增值税专用发票上注明的增值税额均可以从当期销项税额中抵扣;但如果购进税控收款机时未取得增值税专用发票，则不得抵扣进项税额。
(8)外贸企业出口视同内销货物征税时的进项税额抵扣问题。外贸企业购进货物后，无论内销还是出口，须将所取得的增值税专用发票在规定的认证期限内到税务机关办理认证手续。凡未在规定的认证期限内办理认证手续的增值税专用发票，不予抵扣或退税。
外贸企业出口货物，凡未在规定期限内申报退(免)税或虽已申报退(免)税但未在规定期限内向税务机关补齐有关凭证，以及未在规定期限内申报开具《代理出口货物证明》的，自规定期限截止之日的次日起30天内，由外贸企业根据应征税货物相应的未办理过退税或抵扣的进项增值税专用发票情况，填具进项发票明细表(包括进项增值税专用发票代码、号码、开具日期、金额、税额等)，向主管退税的税务机关申请开具《外贸企业出口视同内销征税货物进项税额抵扣证明》(以下简称《证明》)。
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