计算应纳税额，在确定时间界限时，应掌握以下有关规定:
1.销项税额的时间界定
增值税纳税人销售货物或提供了应税劳务后，什么时间计算销项税额，关系到当期销项税额的大小。关于销项税额的确定时间，总的原则是:销项税额的确定不得滞后。税法对此作了严格的规定具体确定销项税额的时间根据本章第九节关于纳税义务发生时间的有关规定执行。
2.进项税额抵扣时限的界定
进项税额是纳税人购进货物或者接受应税劳务所支付或负担的增值税额，进项税额的大小，直接影响纳税人的应纳税额的多少，而进项税额抵扣时间，则影响纳税人不同纳税期应纳税额。关于进项税额的抵扣时间，总的原则是:进项税额的抵扣不得提前。税法对不同扣税凭证的抵扣时间作了详细的规定。
(1)防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额的抵扣时限增值税一般纳税人申请抵扣的防伪税系统开具的增值税专用发票，必须自该发票开具之日起90天内到税务机关认证，否则不予抵扣进项税额。
增值税纳税人认证通过的防伪税控系统开具的增值税专用发票应在认证通过的当月按照增值税有关规定核算当期进项税额并申报抵扣，否则不予抵扣进项税额。增值税一般纳税人取得由税务机关代开的专用发票后，应以专用发票上填写的税额为进项税额，即按发票注明的销售额和征收率计算的应纳税额为抵扣的进项税额。
(2)海关完税凭证进项税额的抵扣时限
增值税一般纳税人取得的2004年2月1日以后开具的海关完税凭证应当在开具之日起90天后的第一个纳税申报期结束以前向主管税务机关申报抵扣逾期不予抵扣进项税额。
(3)运费发票进项税额的抵扣时限
增值税一般纳税人取得的2003年10月31日以后开具的运费发票，应当在开票之日起90天内向主管税务机关申报抵扣，超过90天的不予抵扣。在办理运费进项税额抵扣时，应附抵扣发票清单。
(4)购进废旧物资取得的普通发票进项税额的抵扣时限
增值税一般纳税人取得的2004年3月1日以后开具的废旧物资发票，应当在开具之日起90天后的第一个纳税申报期结束以前向主管税务机关申报抵扣，逾期不得抵扣进项税额。采用增值税防伪税控系统开具的废旧物资增值税专用发票，按增值税专用发票的申报抵扣时限处理。
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