(一)基本原则与适用范围
为加强跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理，根据《企业所得税法》及其实施条例、《税收征管法》及其实施细则和《财政部、国家税务总局、中国人民银行关于印发〈跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法〉的通知》(财预[2008]10号)，规定如下:
1.居民企业在中国境内跨地区(指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同)设立不具有法人资格的营业机构、场所(以下称分支机构)的，该居民企业为汇总纳税企业，除另有规定外，适用本办法。
铁路运输企业(包括广铁集团和大秦铁路公司)、国有邮政企业、中国工商银行股份有限公司、中国农业银行、中国银行股份有限公司、国家开发银行、中国农业发展银行、中国进出口银行、中央汇金投资有限责任公司、中国建设银行股份有限公司、中国建银技资有限责任公司、中国石油天然气股份有限公司、中国石油化工股份有限公司以及海洋石油天然气企业(包括港澳台和外商投资、外国海上石油天然气企业)等缴纳所得税未纳入中央和地方分享范围的企业，不适用本办法。
2.企业实行"统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库"的企业所得税征收管理办法。
统一计算，是指企业总机构统一计算包括企业所属各个不具有法人资格的营业机构、场所在内的全部应纳税所得额、应纳税额。
分级管理，是指总机构、分支机构所在地的主管税务机关都有对当地机构进行企业所得税管理的责任，总机构和分支机构应分别接受机构所在地主管税务机关的管理。
就地预缴，是指总机构、分支机构应按本办法的规定，分月或分季分别向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税。
汇总清算，是指在年度终了后，总机构负责进行企业所得税的年度汇算清缴，统一计算企业的年度应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补税款。
财政调库，是指财政部定期将缴入中央国库的跨地区总分机构企业所得税待分配收入，按照核定的系数调整至地方金库。
3.总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分期预缴企业所得税。
二级分支机构及其下属机构均由二级分支机构集中就地预缴企业所得税;三级及以下分支机构不就地预缴企业所得税，其经营收入、职工工资和资产总额统一计人二级分支机构。
总机构设立具有独立生产经营职能部门，且具有独立生产经营职能部门的经营收入、职工工资和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将具有独立生产经营职能的部门视同一个分支机构，就地预缴企业所得税。不能分开核算的，具有独立生产经营职能的部门不得视同一个分支机构不就地预缴企业所得税。
不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等企业内部辅助性的二级及以下分支机构，不就地预缴企业所得税。
上年度认定为小型微利企业的，其分支机构不就地预缴企业所得税。新设立的分支机构设立当年不就地预缴企业所得税。
撤销的分支机构，撤销当年剩余期限内应分摊的企业所得税款由总机构缴入中央国库。企业在中国境外设立的不具有法人资格的营业机构，不就地预缴企业所得税。
4.企业计算分期预缴的所得税时，其实际利润额、应纳税额及分摊因素数额，均不包括其在中国境外设立的营业机构。
5.总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后依照规定的比例、因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额后，再分别按总机构和分支机构所在地的适用税率计算应纳税额。
6.总机构和分支机构2007年及以前年度按独立纳税人计缴所得税尚未弥补完的亏损，允许在法定剩余年限内继续弥补。
(二)税款预缴和汇算清缴
1.企业应根据当期实际利润额，按照规定的预缴分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税预缴额，分别由总机构和分支机构分月或者分季就地预缴。
在规定期限内按实际利润额预缴有困难的，经总机构所在地主管税务机关认可，可以按照上一年度应纳税所得额的1/12或1/4，由总机构、分支机构就地预缴企业所得税。
预缴方式一经确定当年度不得变更。
2.总机构和分支机构应分期预缴的企业所得税，50%在各分支机构间分摊预缴，50%由总机构预缴。总机构预缴的部分，其中25%就地入库，25%预缴入中央国库，按照财预[2008]10号文件的有关规定进行分配。
3.按照当期实际利润额预缴的税款分摊方法
(1)分支机构应分摊的预缴数
总机构根据统一计算的企业当期实际应纳所得税额，在每月或季度终了后10日内，按照各分支机构应分摊的比例，将本期企业全部应纳所得税额的50%在各分支机构之间进行分摊并通知到各分支机构;各分支机构应在每月或季度终了之日起15日内，就其分摊的所得税额向所在地主管税务机关申报预缴。
(2)总机构应分摊的预缴数
总机构根据统一计算的企业当期应纳所得税额的25%，在每月或季度终了后15日内自行就地申报预缴。
(3)总机构缴入中央国库分配税款的预缴数
总机构根据统一计算的企业当期应纳所得税额的25%，在每月或季度终了后15日内自行就地申报预缴。
4.按照上一年度应纳税所得额的1/12或1/4预缴的税款分摊方法
(1)分支机构应分摊的预缴数
总机构根据上年汇算清缴统一计算应缴纳所得税额的1/12或1/4，在每月或季度终了之日起10日内，按照各分支机构应分摊的比例，将本期企业全部应纳所得税额的50%在各分支机构之间进行分摊并通知到各分支机构;各分支机构应在每月或季度终了之日起15日内，就其分摊的所得税额向所在地主管税务机关申报预缴。 (2)总机构应分摊的预缴数
总机构根据上年汇算清缴统一计算应缴纳所得税额的1/12或1/4，将企业全部应纳所得税额的25%部分，在每月或季度终了后15日内自行向所在地主管税务机关申报预缴。
(3)总机构缴入中央国库分配税款的预缴数
总机构根据上年汇算清缴统一计算应缴纳所得税额的1/12或1/4，将企业全部应纳所得税额的25%部分，在每月或季度终了后15日内，自行向所在地主管税务机关申报预缴。
5.总机构在年度终了后5个月内，应依照法律、法规和其他有关规定进行汇总纳税企业的所得税年度汇算清缴。各分支机构不进行企业所得税汇算清缴。
当年应补缴的所得税款，由总机构缴入中央国库。当年多缴的所得税款，由总机构所在地主管税务机关开具"税收收入退还书"等凭证，按规定程序从中央国库办理退库。
(三)分支机构分摊税款比例
1.总机构应按照以前年度(1-6月份按上上年度，7-12月份按上年度)分支机构的经营收入、职工工资和资产总额三个因素计算各分支机构应分摊所得税款的比例，三因素的权重依次为0.35、0.35，，0.300计算公式如下:
某分支机构分摊比例=0.35×(该分支机构营业收入/各分支机构营业收入之和)＋0.35×(该分支机构工资总额/各分支机构工资总额之和)＋0.30×(该分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和)
式中，分支机构仅指需要就地预缴的分支机构，该税款分摊比例按上述方法一经确定后，当年不作调整。
分支机构经营收入，是指分支机构在销售商品或者提供劳务等经营业务中实现的全部营业收入。其中，生产经营企业的经营收入是指销售商品、提供劳务等取得的全部收入;金融企业的经营收入是指利息和手续费等全部收入;保险企业的经营收入是指保费等全部收入。
分支机构职工工资，是指分支机构为获得职工提供的服务而给予职工的各种形式的报酬。
分支机构资产总额，是指分支机构拥有或者控制的除无形资产外能以货币计量的经济资源总额o
各分支机构的经营收入、职工工资和资产总额的数据均以企业财务会计决算报告数据为准。
2.分支机构所在地主管税务机关对总机构计算确定的分摊所得税款比例有异议的，应于收到《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》后30日内向企业总机构所在地主管税务机关提出书面复核建议并附送相关数据资料。总机构所在地主管税务机关必须于收到复核建议后30日内对分摊税款的比例进行复核，并作出调整或维持原比例的决定。分支机构所在地主管税务机关应执行总机构所在地主管税务机关的复核决定。
分摊所得税款比例复核期间分支机构应先按总机构确定的分摊比例申报预缴税款。
(四)征收管理
1.总机构和分支机构均应依法办理税务登记，接受所在地税务机关的监督和管理。
总机构应在每年6月20日前，将依照规定方法计算确定的各分支机构当年应分摊税款的比例，填人《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》国税函[2008]44号附件4，该附件填报说明第二条第十项"各分支机构分配比例"的计算公式依照上述规定执行)，报送总机构所在地主管税务机关，同时下发各分支机构。
总机构所在地主管税务机关收到总机构报送的《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》后10日内，应通过国家税务总局跨地区经营汇总纳税企业信息交换平台或邮寄等方式，及时传送给各分支机构所在地主管税务机关。
总机构应当将其所有二级分支机构(包括不参与就地预缴分支机构)的信息及二级分支机构主管税务机关的邮编、地址报主管税务机关备案。
2.分支机构应将总机构信息、上级机构、下属分支机构信息报主管税务机关备案。分支机构注销后15日内，总机构应将分支机构注销情况报主管税务机关备案。
3.总机构及其分支机构除按纳税申报规定向主管税务机关报送相关资料外，还应报送《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》、财务会计决算报告和职工工资总额情况表。
4.分支机构的各项财产损失，应由分支机构所在地主管税务机关审核并出具证明后，再由总机构向所在地主管税务机关申报扣除。
5.各分支机构主管税务机关应根据总机构主管税务机关反馈的《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》，对其主管分支机构应分摊入库的所得税税款和计算分摊税款比例的3项指标进行查验核对。发现计算分摊税款比例的3项指标有问题的，应及时将相关情况通报总机构主管税务机关。分支机构未按税款分配数额预缴所得税造成少缴税款的，主管税务机关应按照《税收征管法》及其实施细则的有关规定对其处罚，并将处罚结果通知总机构主管税务机关。
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