按照《规章制定程序条例》和《税务部门规章制定实施办法》，税务规章的制定程序主要有以下几个方面：
(1)立项。税务规章立项主要包括：一是报请立项，国家税务总局内设机构及有关部门认为需要制定税务规章的，应当于每年的第一季度按规定的要求报请立项。立项申请中应当对制定税务规章的必要性、所要解决的主要问题、拟确立的主要制度作出说明。二是拟订年度规章制定工作计划。三是报局务会议批准后执行。
(2)起草。税务规章原则上由报请立项单位负责起草，税务规章内容涉及两个或两个以上单位的，由局长指定单位负责起草。税务规章在起草过程中，起草单位应当充分征求局内各单位和基层税务机关的意见。起草的规章直接涉及税务行政相对人切身利益的，起草单位应将起草的规章向社会公布，充分征求社会各界的意见，必要时，可以举行听证会。
(3)审查。税务规章起草单位将规章送审稿报送法制部门审查。审查的内容主要包括：一是合法性，即是否与法律、行政法规等相矛盾或抵触，是否根据上位法来制定；二是与其他税务规章的规定是否协调、衔接；三是是否就重大问题征求并正确处理有关部门、组织或个人的意见；四是是否符合立法技术要求。在审查中发现税务规章送审稿有重大缺陷，如有关单位对草案有重大分歧意见，又难以协调一致的，可将税务规章送审稿退起草单位修改。
(4)决定和公布。法制部门审查通过后，形成税务规章草案和审查意见，报局务会议审议。审议通过的税务规章，报局长签署后予以公布，在国家税务总局公报上刊登的税务规章文本为标准文本。
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