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众所周知，深低温会带来副作用，例如酸中毒、心肌功能损伤、出血倾向和肝肾功能下降。低体温也会导致心电图的改变，主要变现为出现 J 波(Osborn 波)、PR、QRS 和 QT 间期延长、心房纤颤，并且也会导致电解质紊乱、药物清除时间延长和胰岛素抵抗。大部分并发症会出现在深低温和体温低于 30℃时。
在一个研究中，研究人员指出，虽然亚低温到轻度低温可降低心输出量和射血量，但是其对临床没有明显影响。另一份研究中，16 位患者在麻醉下进行颅内手术并低温处理，定期测量其凝血参数，研究没有发现低体温对凝血参数有明显影响。
适度低温并不会降低心肌收缩或导致由血容量不足所致的低血压，并且初步研究显示，即使该疗法在心源性休克患者中应用也是安全的。
低温导致的凝血障碍可能是多因素的。与医源性低体温诱导相比，凝血障碍和血小板减少更多见于创伤后自发体温过低。血小板功能异常、纤溶活性增加和凝血酶活性降低对低温诱导期间和复温期间出血都有影响。
在该综述研究人员的实验中，只有一例患者出现了血小板减少，在手术期间其他患者没有出现异常出血现象。在低温维持期间，心动过缓最为常见，但其与新陈代谢率降低有关，因为能量需求和供给要保持平衡。与深低温(≤30℃)相反，适度低温通常不会导致纤颤。
该综述研究人员表示，在其实验中也同样观察到了上述现象，但他们同时表示，因心动过缓和严重纤颤而停止治疗尚无例可循。
有研究发现，低体温可增加感染风险，主要原因为其对炎症反应的抑制、中性粒细胞粘附的抑制、抗炎 T- 细胞活性的抑制和减少细胞因子释放，尤其在延长降温时间时。有文献报道，低温也可增加呼吸道和伤口感染机会。
在本研究中，肺炎和尿道感染是主要的感染并发症，但这常发生于需长期插管和膀胱导尿管植入的 SCI 患者。并且其感染的发生率与对照组相同。此外，当降温低于 33℃时，躯体感觉诱发电位和脑干诱发电位潜伏期将会延长，可影响研究结果的解释。
下肢 DVT 可能会因为留置血管内降温导管而出现。一个小样本回顾性研究指出，TBI 患者使用血管内降温导管降温将会增加 DVT 机会。在该研究中，10 例患者中有 5 例出现了 DVT。但在该研究中，这些高风险患者只接受了医用弹力袜预防 DVT。
然而，在本研究中(所有患者均采用多普勒对 DVT 进行排除)，没有一例患者出现 DVT 或肺栓塞。他们使用的是淋巴泵和低分子肝素来对 DVT 进行预防。
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